Strhující román o střetu západní a orientální kultury nás zavede do Japonska, u jehož břehů roku 1600 ztroskotá holandská loď při pokusu obeplout svět. Její kapitán, anglický mořeplavec, se v exotické zemi stává terčem i nástrojem intrik v boji o titul šóguna - faktického vládce Japonska. Postupně začíná objevovat a chápat japonskou mentalitu, poznává krutost i lásku a jeho představy o náboženství a smrti se zcela proměňují. Stejně tak ale i jeho myšlení a cítění mění Zemi vycházejícího slunce.
Šógun je součástí Clavellovi rozsáhlé asijské ságy, k níž patří ještě romány Tchaj-pan a Gaidžin.